Xã Bản Nguyên hiện có 4 trường học:
1. Trường THCS Bản Nguyên: Hiện nay có 28 thầy, cô giáo và 572 học sinh; Trường đạt chuẩn quốc gia năm 2015.
Hiệu trưởng trường: Thầy giáo Phan Quang Tiến, Số điện thoại liên hệ: 0989343475
2. Trường Tiểu học Bản Nguyên 1: Hiện nay có 19 thầy, cô giáo và 455 học sinh; Trường được công nhận lại chuẩn quốc gia mức độ 1 năm 2021.
Hiệu trưởng trường: Thầy giáo Lại Xuân Trường, Số điện thoại liên hệ: 0983518167
3. Trường Tiểu học Bản Nguyên 2: Hiện nay có 19 thầy, cô giáo và 504 học sinh; Trường đạt chuẩn quốc gia mức độ 1 năm 2013, công nhận lại năm 2020.
Hiệu trưởng trường: Cô giáo Nguyễn Thị Thanh Hương, Số điện thoại liên hệ: 0362537659
3. Trường Mần Non Bản Nguyên: Hiện nay có 39 cô giáo và 499 học sinh, có 2 phân hiệu; Trường đạt chuẩn quốc gia mức độ 1 năm 2014.
Hiệu trưởng trường: Cô giáo Nguyễn Thị Giáng Hương, Số điện thoại liên hệ: 0983589121